软件功能特色：
1、基于特征的鉴定工作流程，可提高灵敏度并最大限度地提高肽鉴定效率。
专为 DDA 技术设计，可提高可重复性。
集成数据库搜索和从头测序，以扩展深入分析。
在PEAKS DDA工作流程中激活深度学习提升，以最大限度地提高肽鉴定效率。
2、通过直接数据库搜索 DIA 简化工作流程
DIA 分析是 DDA 工作流程的一种有吸引力的替代方案。过去，DIA方法依赖于从DDA生成谱库来鉴定和定量肽。PEAKS Studio 11 提供独特的 DIA 工作流程，通过集成三种方法（谱库搜索、直接数据库搜索和从头测序）最大限度地提高肽的鉴定率。
针对预定义的谱库执行谱库搜索。没有谱库匹配的肽谱图可以直接在蛋白质数据库中搜索。
使用DIA数据直接搜索蛋白质序列数据库。先进的机器学习算法可以提高肽鉴定的准确性和灵敏度。在管道的这一步中，PEAKS 11 DIA 工作流程现在支持识别用户指定的任何 PTM。这将能够提高修饰肽的鉴定，而无需将其输入谱库。
数据库搜索中不匹配的谱图是从头测序的。
从谱库搜索和蛋白质序列数据库搜索中鉴定出的肽可用于定量分析。
注意：所有 3 种检索方法、PEAKS 谱库检索、直接数据库检索和从头测序都是可选的，工作流程的步骤可以独立进行，也可以按顺序进行。
3、PEAKS DeepNovo 肽组学：免疫肽组学高级解决方案
这种新开发的解决方案是肽组学数据的专用工作流程，结合了数据库搜索、从头测序和突变肽鉴定。
4、离子淌度可实现定量，以最大限度地减少缺失值并提高准确性
5、PEAKS糖基模块插件使科学家能够确定糖基位点定位和糖基结构
PEAKS糖模块是一个全面的数据分析工具，它提供了一个高度灵敏和准确的糖蛋白组学软件解决方案，以促进我们对糖蛋白组的理解。了解更多信息
全面了解糖基化和糖蛋白
用于深度糖谱分析的高级糖蛋白组学
用于聚糖和糖肽定量的创新软件工具
6、质量控制 （QC） 功能，用于从原始数据到结果的深入分析
借助PEAKS® Studio 11中新的质量控制（QC）分析功能，用户可以评估原始数据和/或结果的统计信息，并深入了解LC-MS采集的属性。该自动化工具专为 DDA 和 DIA 数据而设计，将提供用于确定数据质量并评估实验设置的元素。
7、肽特征视图
从数据细化到鉴定和定量，PEAKS 11系列都是基于肽特征的。肽特征包括一系列相应的m/z值、保留时间范围、不同分子亚型形成的强度以及作为第四维信息的离子淌度。
在PEAKS鉴定结果中，用户将找到一个“特征”选项卡，该选项卡以可视化和表格方式显示原始数据中每个肽特征的所有详细信息。在肽特征表中，PEAKS可以方便地总结从LC-MS或LC-IMS/MS中检测到的特征详细信息，包括通过数据库搜索、DDA或从头测序确定的已识别序列。每个特征还与其相应的蛋白质视图、光谱视图和LC-MS或LC-IMS/MS视图相关联，以便进一步检查。
8、蛋白质视图
蛋白质视图可在 DDA 和 DIA 工作流程中对复杂生物样品进行蛋白质分析。对于每种蛋白质，序列覆盖视图都会显示带有谱注释的肽图，以便进行验证。使用PEAKS传统的从头辅助数据库搜索，用户可以轻松查看已识别的蓝色肽序列，而灰色条表示仅从头标签匹配。
9、肽视图
肽视图提供了 MS1 丰度的已鉴定肽列表。对于每个修饰肽，修饰位点的置信度 （Ascore） 是相关的。
10、量化视图
借助 PEAKS Q 的附加模块，PEAKS Studio 还可以同时测定一组样品的相对蛋白质丰度变化，而无需事先了解所涉及的蛋白质。
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